يقدم قسم علم الحاسوب في جامعة الزرقاء برنامجاً لمنح درجة الماجستير في علم الحاسوب، وقد بوشر بقبول الطلبة في البرنامج بمساريه الشامل والرسالة في العام الدراسي 2011- 2012. ويعتمد علىتقديم المواد المتخصصة والتي تتيح للطالب التعرف إلى مجالات البحث العلمي، والتعمق في تعزيز الفهم لدى الطالب بأهمية الجانب النظري لعلم الحاسوب، دون إغفال الجانب التطبيقي، بالإضافة إلى تعزيز القيم الأخلاقية ومبادئ الأمانة العلمية في إعداد البحوث والرسائل الجامعية وذلك باتباع مناهج البحث العلمي.
ويهدف هذا البرنامج بشكل رئيسي إلى تزويد الخريجين بتعليم متطور يلبي احتياجات المشاركين في هذا البرنامج ولتطوير خبراتهم وقدراتهم للحصول على المهارات العلمية والفنية في المجالات المتقدمة والحديثة في مجال علم الحاسوب لتلبي احتياجات سوق العمل، كما يهدف هذا البرنامج إلى إعداد الطلاب وتحضيرهم وزيادة جاهزيتهم لمواصلة دراساتهم العليا للحصول على درجة الدكتوراه في مجال علم الحاسوب أو المجالات ذات العلاقة.