نظرا للتطّور الملحوظ الذي شهده تخصص هندسة البرمجيّات على المستويين الدولي والمحلي والاقبال المتزايد لدراسة هذا التخصص في الجامعات الاردنية بشكل عام وفي جامعة الزرقاء بشكل خاص، فإنّ ادارة جامعة الزرقاء انشأت برنامج الماجستير في هندسة البرمجيات لتقديم مستوى أعلى من الجودة والمعرفة في مواضيع تخصّص هندسة البرمجيات مقارنة لما يتم تقديمه في برامج الجامعات المحليّة الأخرى المكتفية فقط بتدريس المواضيع الأساسية في هندسة البرمجيّات.
إنّ المعرفة الأكاديميّة التي يتم تغطيتها في برنامج الماجستير في هندسة البرمجيّات متنوّعه بشكل كبير، تغطّي احتياجات مختلفة مطلوبة في سوق العمل، وتتبّع المعايير المحلية والدّوليّة. أيضا المهارات التي يكتسبها الطّالب عند دراسة هذا البرنامج تُعتبر مهارات أكثر تقدّما وعُمقا من المهارات التي يتم اكتسابها أثناء دراسة درجة البكالوريوس في نفس التخصص وفي التخصصات الأخرى القريبة منها.
للحصول على شهادة الماجستير على الطّالب أن يجتاز 33 ساعة أكاديميّة معتمدة بنجاح. وتوفّر كليّة تكنولوجيا المعلومات برنامج الماجستير بمسارين هما: مسار الامتحان الشّامل ومسار الرّسالة.
في المسار الشّامل، يدرس الطّالب 24 ساعة أكاديمية معتمده كمواد إجباريّة و9 ساعات أكاديمية معتمده كمواد اختياريه وعلى الطاّلب النّجاح في الامتحان الشّامل بعد إنهاء جميع المواد بمعدّل تراكمي لا يقل عن 75%. يكون الامتحان الشامل ذا طبيعة شاملة تكامليّة، يهدف إلى قياس قدرة الطالب على الربط بين المفاهيم المختلفة الأساسية والمتقدمة التي اكتسبها من مختلف المعارف، وتوظيفها في حل المشكلات العلميّة والتطبيقية في ميدان تخصصه، وفق الخطة الدراسيّة المعتمدة.
أمّا في مسار الرّسالة، يدرس الطّالب 15 ساعة أكاديميّة معتمده كمواد إجباريّة و9 ساعات أكاديميّة معتمدة كمواد اختيارية و9 ساعات أكاديمية معتمدة تُّخصص لإعداد رسالة الماجستير ومناقشتها بعد إنهاء جميع المواد بمعدّل تراكمي لا يقل عن 75%.